با روی کار آمدن دولت حسن روحانی در سال ۱۳۹۲ و بازگشت بیژن نامدار زنگنه به وزارت نفت، شرکت ملی نفت ایران از او شکایت کرد و بابک زنجانی در ۹ دی ۱۳۹۲ دستگیر شد.دو سال و دو ماه بعد و در حالی که اقتصاد ایران با ورود به دوران پسا برجام نفس تازه می‌کرد حجت الاسلام محسنی اژه‌ای در مقام سخن‌گوی قوه قضاییه در ۱۶ اسفند ۱۳۹۴ از محکومیت او و دو نفر دیگر به اعدام به اضافه رد مال شاکی (شرکت ملی نفت ایران) خبر داد. این حکم در ۱۳ آذر سال بعد (۱۳۹۵) تایید شد، ولی اعدام او ۲/۷ میلیارد دلار پول را زنده نمی‌کرد بنابراین ترجیح دادند اعدام نشود تا پول‌ها را برگردانند. از سوی دیگر احتمالا او هم شنیده بود که دادستان کل وقت گفته است تا زمان استرداد اموال حکم اجرا نمی‌شود و در این وضعیت شاید هر که جای بابک زنجانی از حیث طمع اقتصادی و نه الزامات اخلاقی بود تردید می‌کرد که اگر پول‌ها را برگرداند جان او هم ستانده خواهد شد و چرا باید چنین کند؟
پس از آن بود که حجت الاسلام احمد مرتضوی رییس دیوان عالی کشور اعلام کرد: حکم اعدام قطعی است، اما اگر همکاری کند و پول‌ها برگردد در حکم تخفیف داده خواهد شد. یعنی اگر می‌خواهد جانش را نجات دهد پول‌ها را برگرداند.در این میان البته بخشی از دارایی‌های غیر منقول نقد شد، ولی همچنان او یک بدهکار کلان است. برای آن که بدانیم معمای بابک زنجانی چقدر پیچیده است کافی است سخنان تازه اسحاق جهانگیری معاون اول رییس جمهوری سابق در جشن ۲۱ سالگی روزنامه دنیای اقتصاد در هفته گذشته را نقل کنیم.
در نظر داشته باشید این سخنان را کسی می‌گوید که ۸ سال مرد شماره دو اجرایی و فرمانده اقتصادی دولت روحانی بوده هم در وضعیت بهبود برجامی و هم در شرایط تحریمی و هم رییس ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی و طبیعی است که به جد پی‌گیر بازگرداندن اموال و کشف خط و ربط بابک زنجانی بوده باشد چرا که به لحاظ سیاسی هم مربوط به دوران احمدی‌نژاد بود و مشکلی را متوجه خودشان نمی‌کرد.
جهانگیری یک شنبه گذشته(سوم دی ۱۴۰۲ ) گفت:«وقتی در مقام معاون اول رییس جمهور گفتم داستان بابک زنجانی سمبل فساد و بزرگ‌ترین فساد قرن و حتی تاریخ است برخی از بزرگان از من انتقاد کردند چرا چنین گفتی؟ پاسخ دادم: با دقت و قاطعیت گفتم، چون همین گونه است. ۲/۷ میلیارد دلار پول نفت را به بابک زنجانی دادند در حالی که بیش از یک میلیارد دلار آن پول نقد بود. البته عدد از این هم بزرگ‌تر است. بابک زنجانی دستگیر و محاکمه و حکم اعدام هم برای او صادر و در دیوان عالی کشور هم تایید شد.در آن زمان من با همه مذاکره کردم که برای دولت بازگرداندن ۲/۷ میلیارد دلار مهم است. چون این پول تک‌تک ملت ایران است. باید مشخص شود کی پشت بابک زنجانی بوده، اما هیچ کس نفهمید چه کسی پشت بابک زنجانی بوده. از جمله خود من که رییس ستاد مبارزه با مفاسد اقتصادی بودم. من هم متوجه نشدم کی پشت او بوده. آقای مهندس زنگنه وزیر نفت هم متوجه نشد کی پشت او بوده. برای دانستن این موضوع اگر ۱۰۰ جلسه دادگاه هم لازم بود باید برگزار می‌شد.»
۱۰ سال بعد از زندانی شدن او و با گذشت بیش از ۷ سال از تایید حکم اعدام او پرسش اصلی این نیست که چرا هنوز اعدام نشده است، زیرا افکار عمومی در ایران دیگر مانند سال‌های اول انقلاب از اعدام‌ها به هیجان و غلیان نمی‌آید و چاره کار را در دادگاه‌های خلخالی نمی‌بیند و تنها در مواردی مانند خفاش شب مشهد مردم دنبال اعدام بودند تا زودتر این لکه ننگ پاک شود.
چرا که در فقره بابک زنجانی کشف دو موضوع مهم‌تر است: اول این که ۲/۷ میلیارد دلار پول کجاست و اگر هم بداند و بخواهد آیا می‌تواند برگرداند یا نه؟ دوم همان که معاون اول رییس جمهور سابق گفته است: کی پشت او بوده. چون باو‌ر کردنی نیست بی هیچ حمایت و پشتوانه‌ای بتواند دست به این کار بزند.داستان بابک زنجانی حتی با ماجرای اخیر فساد چای دبش هم متفاوت است. چون در اینجا مشخص است ارز دولتی گرفته‌اند و سود کلان ناشی از تبدیل به ارز آزاد تحت پوشش واردات چای و ماشین آلات است و گفته شده با فروش اموال مطالبات را برمی‌گردانند. در قصه بابک زنجانی، اما اولا بحث پول نفت مطرح است. نه وام و تسهیلات و ارز دولتی. اصل پولی که به خاطر دور زدن تحریم‌ها به او پرداخت شده و باید برمی‌گردانده. ثانیا این که پول‌ها کجاست و اصلا پولی در کار است یا سر بابک را هم کلاه گذاشته‌اند و پرسش سوم از همه بالاتر و مهم‌تر همان: کی پشت سر بابک زنجانی بود؟