یکی از آسیب دیدگان جدی گام اول حکمرانی جمهوری اسلامی، دین بوده است. در باب آنچه بر سر دین توسط حاکمیتی می رود که مدعی اسلامی بودن است اما کمتر نشانی از اسلام عقلانی و عدالت محور دارد، می توان دهها مقاله نوشت.در آغاز پیروزی انقلاب که انقلابیون بدون داشتن طرح و درکی از ایران و جهان و فهمی درست از مختصات حکمرانی در دنیای جدید، در سودای فتح جهان و آبادی دین و دنیای مردم به نام حکومت دینی بودند، عالمانی چون سید رضا صدر و علامه طباطبایی با فراستی ویژه، نگران آسیب دیدن اسلام بودند و به رهبران هشدار دادند که وارد بازی خطرناکی شده اید.
در حاکمیتی که به نام دین بر پا می شود، از جهات گوناگون دین در معرض آسیب قرار می گیرد که از جمله آنها مسابقه کارگزاران و مسئولان در دینمدار نشان دادن – البته ریاکارانه خود – به مقامات بالایی حکومت به شیوه های گوناگون است. چیزی که حالا در حاکمیت یکدست استصوابی و انقلابی، جلوه های نو به نو و گوناگونی یافته است.تازه ترین مورد آن حاتم بخشی دهها میلیاردی جناب وزیر نفت به مسجد جمکران(۵۰ میلیارد تومان) و برخی مراکز دینی و حوزوی استان فارس است.
این پول پاشی های بدون مجوز شرعی و قانونی که هیچ نهاد بازرسی و حسابرسی در حاکمیت یکدست شده به سراغ آن نمی رود و در شرایطی صورت می گیرد که میلیونها تن در فقری جانکاه به سر می برند و بسیاری از مناطق محروم و از جمله در مناطق نفت خیز بعضا از ابتدایی ترین امکانات محروم هستند، نتیجه ای جز بدبین شدن و تنفر بیشتر مردم نسبت به نهاد دین و توابع آن ندارد.