در واقع به نظر می‌رسد مناسبات سیاسی برای پاسخگویی به نهاد‌های حقوق بشری، مهمترین وظیفه معاون حقوق بشر قوه قضائیه باشد. محمدجواد لاریجانی زمانی که این مسئولیت را بر عهده داشت، باراک اوباما را کاکا سیاه خطاب کرده بود و بیشتر وقت او به این می‌گذشت تا توضیح بدهد در زندان‌های ایران خبری نیست یا آنکه بگوید آماری که از جان باختگان اعتراضات مختلف در ایران توسط رسانه‌های خارجی اعلام می‌شود، حقیقت ندارد.
محمدجواد لاریجانی زمانی هم اعلام آمادگی کرده بود در کنار تیم وزارت خارجه، با غربی‌ها درباره حقوق بشر مذاکره کند و به آنها بفهماند آن چیزی که از حقوق انسان‌ها می‌گویند، فریبی بیش نیست و برای فهمیدن حقوق بشر واقعی باید ایران را ببینید. عمر ریاست محمد لاریجانی به مذاکره حقوق بشری با غرب قد نداد و با حضور ابراهیم رییسی بر قوه قضاییه و خروج آملی لاریجانی، برادر هم کنار گذاشته شد. محمد جواد لاریجانی و علی باقری هر دو سابقه کار در وزارت خارجه ایران را دارند. البته باقری پیش از این عضو شورای عالی حقوق بشر بوده است؛ جایی که هم ابراهیم رئیسی و هم محمدجواد ظریف هم حضور داشتند و البته به جز تصاویر جلسات، خبری از تصمیمات و مصوبات آن مخابره نشده است.
سوم خرداد ۱۳۹۲ بود که اصولگرایان خبر دادند «علی باقری ریاست ستاد انتخاباتی و تبلیغات سعید جلیلی در انتخابات یازدهم ریاست جمهوری را بر عهده گرفته است.» علی باقری نزدیک‌ترین فرد و معتمدترین همکار سعید جلیلی در طول مذاکرات هسته‌ای او بوده است.در معرفی او نوشته‌اند: «علی باقری فرزند آیت‌الله باقری کنی از اعضای مجلس خبرگان رهبری است که در سال ۱۳۴۶ به دنیا آمد. وی دانش آموخته رشته اقتصاد است که سابقه تدریس رشته اقتصاد را در دانشگاه دارد.» علی باقری کنی در زمان تصدی سعید جلیلی در معاونت اروپا و آمریکای وزارت خارجه، مدیرکل اروپای مرکزی این وزارتخانه بوده است.» علی باقری بخش اروپایی فعالیت کرده؛ یعنی دقیقا همانجایی که بیشترین تنش و اختلاف سیاسی ایران و اروپا در آن وجود داشته است. باقری از سال ۱۳۶۸ در سمت معاونت بین الملل دبیرخانه شورای عالی امنیت فعالیت می‌کند.
این توصیفات برای پیشرفت هر فردی در میان اصولگرایان کفایت می‌کند. او هم پیوندهای عمیق محکمی با خاندان مهدوی کنی دارد (برادرزاده مرحوم مهدوی کنی است) و از نسل دانش آموختگان دانشگاه امام صادق به شمار می‌رود که اگر به مقام مدیرکل اروپای مرکزی وزارت امور خارجه نرسیده بود یا درگیر مذاکرات هسته‌ای در دولت احمدی‌نژاد و حضور در شورای عالی امنیت ملی نبود، احتمالا پست ثابت و ویژه‌ای در دانشگاه امام صادق می‌گرفت، اما پیوندهای سیاسی او موجب می‌شد در جایی حضور یابد که تاثیرگذاری بیشتری در سپهر سیاسی ایران داشته باشد، کما آنکه سایر دانش آموختگان این دانشگاه، هر کدام پست‌های سیاسی خاصی به دست آورده‌اند. چهره‌هایی همچون سعيد جليلي، سید احمد علم الهدی، سيدمحمد حسيني وزير ارشاد دولت احمدی نژاد، محسن اسماعيلي عضو شوراي نگهبان، وحید یامین‌پور مجری صدا و سیما، وحيد جليلي برادر سعيد جليلی، فريدالدين حدادعادل فرزند حدادعادل رئيس سابق مجلس، همگی از چهره‌های مشهور اصولگرا هستند که در دانشگاه امام صادق تحصیل کرده‌اند.
علی باقری ارتباط نزدیکی با قسمت رادیکال جریان اصولگرا به رهبری سعید جلیلی دارد. او درباره مذاکرات هسته‌ای در دولت روحانی صد‌ها سخنرانی و مصاحبه انجام داد و روش ظریف را تخطئه کرد. او معتقد بود «متأسفانه دیپلماسی دولت تدبیر و امید به‌گونه‌ای است که تصویر یک کشور صغیر و محجور را نزد بیگانگان پدیدار می‌کند. در هیچ کجای دنیا شما این دیپلماسی را نمی‌بینید؛ عملاً شده دیپلماسی ذلت، انفعال و تسلیم.» باقری در همه این سال‌ها، به عنوان منتقد درجه ۱ ظریف شناخته شده است. باید دید حضور او در مسئولیتی حقوق بشری، در زمانی که وزارت خارجه با مشکلات متعددی به خاطر پرونده‌های حقوق بشری مواجه است، چه تاثیری در مناسبات سیاسی آینده ایران خواهد داشت.