وی در پاسخ به این نقد که «بعد از انقلاب بیشتر به سمت مسلک‌گرایی رفتیم و دچار ظاهرگرایی شدیم» اظهار کرد:دین عملا در سه شاخه تعریف می‌شود: باورها، مناسک یا احکام و حوزه اخلاق. باورها یعنی اعتقادات و ریشه و اصل و مبناست: باور به اینکه خدا داریم، قیامت داریم و به عصمت انبیا قایل‌ایم. بخش دوم، حوزۀ احکام است و شامل بایدها و نبایدها می‌شود. مثلا این که شراب ننوشیم یا رابطه با نامحرم نداشته باشیم. سوم هم حوزۀ اخلاق است: دروغ نگوئیم، تهمت نزنیم.رفیعی گفت: دوست‌مان می‌گوید چرا دین‌داری را فقط در آن بخش دوم (احکام) می‌بینید؟ راست هم می‌گوید کما این که وقتی در مراسم عرفه مسجدها میلیونی پر می‌شود یعنی دین هست اما کامل نیست.
این پژوهش‌گر حوزوی در این برنامه همچنین گفت: پیش‌تر، مواردی که الآن در مورد هجمه به دین وجود دارد به این شدت نبود یا اصلا نبود. نه شبهات بود، نه سؤالات. اما الان حفظ دین با این همه هجمه شدید خیلی مشکل است. من در جلسه‌ای شرکت کردم با حضور حدود 60 نفر از جوان‌ها.اغلب آنها می‌گفتند ما نماز نمی‌خوانیم و دلایلی هم می‌آوردند. مثلا یکی می‌گفت وقتی من می‌بینم فلان اختلاس‌گر جای مُهر روی پیشانی دارد و تسبیح هم به دست می‌گیرد و نمازش هم ترک نمی‌شود با خود می‌گویم نمازی که از آن اختلاس دربیاید نمی‌خوانم!
«ناصر رفیعی محمدی» در شب بعدی این برنامه (شامگاه 29 تیر 1399) هم گفت: دین همانند یک پازل است و باید همه چیزش با هم اتفاق بیفتد و کنار هم قرار بگیرد. وقتی این اتفاقات درست نمی‌افتد جوان از دین، زده می‌شود، دنبال مقصر نمی‌گردیم اما یکی از خلأها برگزاری همین گفت‌وگوهای دو طرفه است. منبرهای ما یک طرفه بوده و ننشستیم با جوان حرف بزنیم.وی ادامه داد: وقتی دین و حکومت با هم قاطی می‌شود یک کم وضعیت سخت می‌شود، چون خود به خود افراد این‌ها را با هم قاطی می‌کنند که فلان رئیس که معمم است، فلان خطا را هم کرده، فلان دروغ را هم گفته و همه را به دین ربط می‌دهند، اگر مثلا اطبا یا نظامیان هم سر کار بودند باز هم این اتفاق می‌افتاد و مثلا تا گرانی می‌شود زود گره می‌زنند به دین.
در واکنش به این سخنان، این پرسش مطرح شد که «با این حساب، چرا دین از حکومت جدا نمی‌شود»؟ او پاسخ داد: اعتقاد امام این بود که ثمرۀ فقه حکومت است و باید در حکومت پیاده شود. حالا این که درست پیاده نشده بحثی دیگر است. تئوری امام درست بود و اگر درست اجرا نشده تقصیر من و شما بوده است. با این حال من می‌گویم نقاط مثبت را هم نادیده نگیریم. یعنی خود من صدها نمونه سراغ دارم که در پای منبرها افراد توبه کردند و عوض شدند. اصل دین‌داری در درون مردم وجود دارد منتها ملاک‌های دین‌داری را همه ندارند. به بیان دیگر ما میلیون‌ها دین‌دار داریم اما همه کامل نیستند و به خاطر همین است که جای شفاعت و توبه گذاشته شده است.
این استاد حوزه و دانشگاه در پاسخ به این گزاره که «دلیل این مشکلات کم‌کاری خود روحانیون است»، گفت: مگر روحانیون جز تبیین کار دیگری دارند؟ اینکه شما نماز نمی‌خوانید گردن آنهاست؟ روحانیون چه تفاوتی با دیگر مردم دارند جز این که در حوزه درس‌های علوم دینی خوانده‌اند یا می‌خوانند؟ ممکن است آنها هم دچار انحراف شوند. طلبه که از آسمان نیامده است. ما در حوزه علوم دینی «عصمت» نداریم اما«الگو» داریم. شخصیت‌هایی مثل آیت‌الله بهجت، امام خمینی یا شیخ انصاری.چرا از این‌ها الگو برنداریم فقط آنهایی را ببینیم که مشکل دارند؟ خصوصیت دین‌ما عقلانی بودن آن است. پس، دین را نباید با حرف افراد و خرافات آمیخت. شما نیز به همه حرف‌ها گوش کنید و خود بهترین را انتخاب کنید.