بنابر اعلام سخنگوی شورای نگهبان، از آنجا که اداره شرکت‌های حاضر در این مناطق براساس قانون چگونگی اداره مناطق آزاد تجاری ـ صنعتی جمهوری اسلامی ایران، مشمول قانون تجارت است و برخی از مفاد این قانون خلاف شرع تشخیص داده شده، بنابراین لایحه ایجاد این مناطق (سرخس، دوغارون و مازندران) مغایر با موازین شرعی تشخیص داده می‌شود. شنیده‌ها حاکی از آن است که حتی موافقت هیات عالی نظارت مجمع تشخیص مصلحت نظام با ایجاد سه منطقه آزاد سرخس، دوغارون و مازندران با رأی شکننده‌ای صورت پذیرفته و برخی از اعضا تأسیس مناطق جدید را بر خلاف مصالح کشور و مغایر با سیاست‌های کلی نظام تشخیص داده‌اند. از طرف دیگر، با وجود اینکه ایراد واردشده توسط شورای نگهبان مرتبط به مسائل حقوقی نبوده و ایراد واردشده مبنای شرعی داشته است؛ به نظر می‌رسد که عدم تأیید این لوایح می‌‌تواند فرصت دوباره‌ای برای مرور عملکرد مناطق آزاد و بازنگری در قوانین تاسیس این مناطق باشد. یکی از مواردی که مطرح می شود، عدم تطبیق لایحه دولت و مصوبه مجلس با سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی است. منتقدان می‌گویند افزایش تعداد مناطق آزاد باید در تطبیق با اسناد بالادستی صورت گیرد.
* اصرار بر ایجاد مناطق آزاد تجاری با اهدافی انتخاباتی!
موافقت مجلس شورای اسلامی با لوایح ایجاد مناطق آزاد تجاری صنعتی سرخس، دوغارون و مازندران، بار دیگر این سوال را در ذهن مردم و کارشناسان ایجاد می‌کند که علت اصرار نمایندگان مجلس و بعضی از مسئولان دولتی در افزایش تعداد این مناطق چیست؟ آیا عملکرد مثبتی از سایر مناطق آزاد تجاری وجود دارد که نسخه ایجاد این مناطق دغدغه هر نماینده برای حوزه انتخابی خود است؟ براساس یکی از گزارش‌های مرکز پژوهش‌های مجلس، بررسی عملکرد حدود ۱۰۰ منطقه آزاد تجاری و ویژه اقتصادی کشور نشان می‌دهد، علی‌رغم نقش قابل‌توجه اقتصادی که مناطق آزاد تجاری در سایر کشور‌ها دارند، اهداف ترسیم‌شده برای رونق این مناطق در ایران، در حد مواد قانونی باقی‌مانده و کارنامه قابل دفاعی از عملکرد مناطق آزاد تجاری در کشور ما وجود ندارد.
با این وجود در ایام نزدیک به انتخابات مجلس فشار بعضی از نمایندگان برای تصویب چنین لوایحی، شائبه تبلیغاتی بودن این اقدامات برای کسب رأی را بیشتر می‌کند؛ از طرفی کارشناسی نبودن و مغایرت قانونی، ایجاد مناطق آزاد تجاری صنعتی سرخس، دوغارون و مازندران توسط بازوی پژوهشی مجلس نیز اعلام شده است؛ اما همچنان نمایندگان این مناطق بر تصویب لوایح ذکرشده پافشاری دارند. ایجاد مناطق آزاد تجاری با فشار‌های سیاسی در مناطقی بدون توجیه اقتصادی، موجب تفاوت ذاتی مناطق آزاد تجاری ایران با سایر کشور‌های موفق در این موضوع شده است.