فرجی‌نژاد که در میان مجاهدین با نام مستعار «فرمانده افشین» و «علی مستشاری» شناخته می‌شد، از فرماندهان بخش نظامی این گروهک پس از شروع جنگ مسلحانه در سال ۱۳۶۰ بود. مریم رجوی او را که به بیش از ۶۰ ترور موفق مشهور بود، از برترین فرماندهان نظامی سازمان معرفی کرده بود. او مسئولیت‌های مختلفی در سازمان داشت؛ از فرماندهی در عملیات فروغ جاویدان(مرصاد) و مسئولیت قرارگاه جلولا در نزدیکی مرز ایران تا آموزش تیم‌های ترور اعزامی به ایران و عضویت در تیم حفاظت مسعود رجوی.

مجید محمدی، از اعضای بریده سازمان، نشست سالگرد ۳۰ خرداد در قرارگاه اشرف را به یاد می‌آورد که فرجی‌نژاد به‌عنوان یکی از افراد باسابقه در عملیات‌های ترور، در آن صحبت کرده بود. فرجی‌نژاد می‌گفت: «شاخص ما برای ترور چند مورد بوده؛ اول اینکه شخص ریش داشته باشد، دوم اینکه یقه پیراهن وی کامل بسته باشد.در این دو مورد برای ما کاملا مسجل می‌شد که وی یا پاسدار بوده یا طرفدار این حکومت. برای ما کاملا روشن بود و نیازی به پرسش و پاسخ نداشتیم و عمل ترور را انجام و او را به رگبار می‌بستیم.» اما شاید کمتر کسی بداند که فرجی‌نژاد یکی از صحنه‌های خونین تاریخ ایران در عملیات فروغ جاویدان در سال ۱۳۶۷ را رقم زده است. او معاون تیپ خط‌شکن مجاهدین بود که باید از سرپل‌ذهاب تا کرند را اشغال می‌کرد.

صمد نظری، یکی دیگر از بریده‌های سازمان، می‌نویسد: «حدود ۳۵ نفر از سربازان در روز دوم خود را تسلیم نیروهای سازمان منافقین به فرماندهی فردی به نام افشین (عبدالوهاب فرجی) کردند. فرمانده به آنها دست‌بند و چشم‌بند زد و در گوشه‌ای جمعشان کرد. تعدادی از آنها به دلیل تشنگی مستمرا از نگهبانان تقاضای آب می‌کردند.یکی از فرمانده‌های دسته‌ها به فرمانده خود اطلاع داد که آنها آب می‌خواهند. فرمانده افشین با اشاره دست به دوتا از تیربارچی‌ها اشاره کرد و گفت «به اسرا آب بدهید.» تیربارچی‌ها بی‌رحمانه تمامی اسرا را به رگبار بستند.»  این اقدام جنایتکارانه فرجی‌نژاد، تا سال‌ها بعد یکی از افتخارات او در سازمان بود. هادی شبانی، راننده رئیس وقت شورای مرکزی منافقین که در عملیات فروغ جاویدان در واحد توپخانه مشغول بود، با اشاره به این جنایت فرجی‌نژاد می‌گوید «اجساد روی هم ریخته شد و از آن عکس گرفتند. این عکس تا مدت‌ها به‌عنوان یکی از مهم‌ترین دستاوردهای عملیات فروغ جاویدان در جلسات معرفی می‌شد.»