جعفری دولت آبادی در زمان ریاست بر دادستانی تهران حواشی زیادی داشت. بازداشت‌های خبرنگاران و فعالین سیاسی، بازداشت علیرضا بهشتی و مرتضی الویری مشاوران میرحسین موسوی، پلمپ دفتر مهدی کروبی، پرونده دراویش گنابادی، ممنوعیت فعالیت جبهه مشارکت و فیلترینگ تلگرام انجام شده بود.