سنگ‌اندازی در مسیر ورود دانش‌بنیان‌ها به ریل‌گذاری در حوزه شفافیت، بویژه در عرصه ایجاد و توسعه سامانه‌های اقتصادی، معمولا با مستمسک قرار دادن محرمانگی اطلاعات توجیه می‌شود اما در واقع نوعی هراس ویژه‌خواران از نظم‌دهی و شفاف‌سازی روندهای اقتصادی را مشخص می‌کند. یکی از این نمونه‌ها ورود یک گروه پژوهشی و دانش‌بنیان متشکل از متخصصان دانشگاهی به عرصه ساماندهی فرآیندهای گمرک است که سابقه‌ای چند ساله در زمینه هوشمندسازی فرآیندها و یکپارچه‌سازی اطلاعات در گمرک دارد. با وجود چهار برابر شدن درآمدهای گمرک در سه سال اولیه فعالیت این گروه دانش‌بنیان، اما هر از گاهی، اصحاب قدرت و ثروت نسبت به فعالیت متخصصان دانشگاهی در گمرک اعتراض می‌کنند و بزرگترین دلیلی که برای مانع‌تراشی بر سر راه آنها می‌آورند این است که چرا اطلاعات گمرکی کشور باید در دست عده‌ای غیر دولت باشد! یکی از اولین مخالفان این گروه دانشگاهی، ذی‌نفعان اطراف برادر رئیس‌جمهور سابق بودند که در ماجرای کشف تخلفات دو برند معروف وسایل برقی که لطمات جبران‌ناپذیری به توسعه صنعت کشور وارد می‌کردند، گروه‌های دانش‌بنیانی را که سعی در جلوگیری از دور زدن مقررات کشور داشتند، تحت فشار قرار داده و خواستار بستن چشمان گمرک بودند. چشمانی که چون از یک سامانه واحد و شفاف، سو می‌گرفتند، نمی‌توانستند حتی اوامر برادر رئیس قوه مجریه را بپذیرند. بهانه اشخاصی که دانش‌بنیان شدن فرآیندهای گمرک، از پرداخت‌های گمرک تا اطلاعات لجستیک و حمل‌ونقل به گمرک و اطلاعات اسناد خرید و غیره را به صرفه و صلاح خود نمی‌دانستند، این بود که صاحب برندی که نباید زیر ذره‌بین قرار می‌گرفت، از اسپانسرهای رئیس‌جمهور وقت است! رمزگشایی پشت پرده آتش زدن و خودسوزی‌های ساختگی و یا قصه دعوای یکی از نمایندگان با نگهبان گمرک، تنها گوشه‌ای از تلاش‌ها برای جلوگیری از اجرای سامانه جامع گمرکی را نشان می‌دهد. دانش‌بنیان‌ها در حوزه علوم انسانی و بویژه در شاخه‌های اقتصادی وقتی بیشتر آسیب می‌بینند که بخواهند در هماهنگی با دستگاه‌هایی که خدمات دانش‌بنیان به آنها ارائه می‌شود، جلوی درز اطلاعات حیاتی کشور بایستند. به عنوان نمونه، یکی از باندهای قدرت و ثروت داخل کشور که تمایلاتش برای درز اطلاعات گمرک به خارج از مرزها برای برنامه‌ریزی تحریم‌ها عیان بود، بیشترین فشارها را بر دانش‌آموختگانی آورد که با سامانه جامع گمرکی همکاری می‌کردند. البته مخالفان فعالیت‌های دانش‌بنیانی که به یکپارچه‌سازی اطلاعات و در نهایت ارائه نقشه آمایشی پیش روی تصمیم‌گیران منجر می‌شود، فقط ویژه‌خواران نیستند. بلکه مخالفانی نیز در میان برخی صاحب‌منصبان دارد که اتفاقا خودشان هیچ بهره‌ای از ولنگاری و عدم شفافیت روندها نمی‌برند. اما در واکاوی علت مخالفت برخی صاحب منصبان با شرکت‌های دانش‌بنیان فعال در حوزه هوشمندسازی اقتصادی، به این می‌رسیم که سامانه‌های هوشمند اقتصادی طراحی شده توسط جوانان ایرانی، منجر به بی‌اثر شدن دستورات موردی و خرده‌فرمایش‌های نابجا و غیرکارشناسی شده‌اند.