حذف اول؛ با چاشنی ناداوری
پرسپولیس در لیگ پانزدهم تیم بسیار مهیج و خوش‌فرمی بود. آنها قهرمانی لیگ را به خاطر جام حذفی از دست دادند و قهرمانی جام حذفی را در پی یک سلسله اتفاقات عجیب و البته اشتباهات محرز داوری. پرسپولیس بعد از پیروزی بر پیکان و ملوان، در یک‌چهارم نهایی به ذوب آهن خورد. جلوی ملوان سوشا مکانی اخطار منجر به محرومیت گرفت و مهدی طارمی هم در حالی اخراج شد که دست کم کارت زرد دوم او صحیح نبود. در نتیجه پرسپولیس بدون این دو بازیکن راهی اصفهان شد. رامین رضاییان هم به دلایلی که هرگز روشن نشد از حضور در این بازی سر باز زد. گرفتاری‌های برانکو اما به همین جا ختم نشد؛ چرا که اوایل بازی با ذوب آهن ایمان صادقی، گلر سرخ‌ها بیرون محوطه جریمه توپ را با سینه دفع کرد، اما یدالله جهانبازی هند گرفت و او را اخراج کرد! پرسپولیس صد دقیقه ۱۰ نفره مقاومت کرد و حتی ضربه فرشاد احمدزاده به تیر خورد اما اواخر مسابقه دو گل خورد و بازی را باخت.
حذف دوم؛ رسوایی ابدی
پرسپولیس در لیگ شانزدهم در همان اولین مرحله از مسابقات جام حذفی یعنی در دور یک‌سی‌ودوم(!) در شیراز به قشقایی باخت و اوت شد؛ شکستی که تا مدت‌ها سوژه کل‌کل رقبا بود. سرخپوشان در این مسابقه شش بازیکن ملی‌پوش خود یعنی علیرضا بیرانوند، جلال حسینی، رامین رضاییان، محمد انصاری، مهدی طارمی و وحید امیری را در اختیار نداشتند و برانکو در شرایطی که می‌توانست خواهان تعویق بازی شود، قبول کرد بدون ملی‌پوشان به شیراز برود. مسابقه در طول ۱۲۰ دقیقه با نتیجه مساوی یک-یک به پایان رسید و پریمف اوکراینی تنها گل دوران حضورش در ایران را زد. با این حال پرسپولیس در ضربات پنالتی بازنده شد. کمال کامیابی‌نیا و شهاب زاهدی دو پنالتی سرخ‌ها را از دست دادند.
حذف سوم؛ سرمربی خشمگین
در لیگ هفدهم پرسپولیس بعد از پیروزی برابر نفت تهران و بادران در یک‌چهارم نهایی به نفت آبادان خورد. بازی در ورزشگاه آزادی در طول ۱۲۰ دقیقه به تساوی یک-یک انجامید و این نفت بود که در ضربات پنالتی پیروز شد. آن روز سرخپوشان سه ضربه پنالتی را توسط گادوین منشا، سیامک نعمتی و علی علیپور از دست دادند. بازی تحت تاثیر مناظره جنجالی شب گذشته در برنامه نود بین علی‌اکبر طاهری و حسین هدایتی برگزار شد و جلال حسینی هم بعد از حذف قرمزها به این مساله اشاره کرد. اطرافیان پرسپولیس می‌گویند در طول حضور برانکو در ایران هرگز او را به اندازه عکس‌العملش به این شکست، غمگین و عصبانی ندیده بودند.
تنها قهرمانی؛ خداحافظ برانکو!
در لیگ هجدهم سرانجام طلسم شکست و پرسپولیس به قهرمانی در مسابقات حذفی دست یافت. آنها به ترتیب سپیدرود، پدیده و سپاهان را بردند و به فینال رسیدند؛ جایی که در ورزشگاه در مرز انفجار فولاد اهواز، یک بر صفر داماش گیلان را شکست دادند. آن بازی در شرایطی که دو تیم درون زمین بودند، دو ساعت به تاخیر افتاد و یک بار هم با اعلام لغو مسابقه، ورزشگاه خالی شد! با وجود قهرمانی پرسپولیس، نفرین جام حذفی همچنان پابرجا بود؛ چرا که این مسابقه به آخرین حضور برانکو روی نیمکت قرمزها تبدیل شد.
حذف چهارم؛ باخت به فرهاد
در لیگ نوزدهم پرسپولیس با گابریل کالدرون موفق به شکست ماشین‌سازی، نفت آبادان و شهرداری ماهشهر شد. مربی آرژانتینی تیم را به نیمه‌نهایی رساند و اخراج شد. در این مرحله اما یحیی گل‌محمدی با استقلال ۲-۲ مساوی کرد و در ضربات پنالتی مغلوب حریف سنتی شد. احمد نوراللهی و اوساگونا ضربات پنالتی‌شان را از دست دادند و البته اظهارات یحیی بعد از بازی مبنی بر این که «اراده‌ای برای قهرمان‌کردن استقلال وجود دارد» با حملات تند منتقدان و حتی هواداران خودی به سرمربی سرخ‌ها همراه شد.
حذف پنجم؛ باز هم فرهاد
در لیگ بیستم هم پرسپولیس بعد از پیروزی بر دو تیم دسته دومی مس نوین کرمان و شاهین بندر عامری، بار دیگر در ضربات پنالتی برابر استقلال فرهاد مجیدی شکست خورد و از دور مسابقات کنار رفت. این باخت در مرحله یک‌چهارم نهایی اتفاق افتاد و برای پرسپولیس عیسی آل کثیر و مهدی عبدی پنالتی خراب کردند. به این ترتیب یحیی گل‌محمدی از پارسال تا امسال در جام حذفی فقط با یک تیم لیگ برتری یعنی استقلال روبه‌رو شده و دو بار به این تیم باخته است!