در بخشی از این طرح برای شرایط عضویت در این سازمان آمده است:
داشتن گواهینامه پزشکی و تخصصی طب سنتی (مورد تایید وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی) یا مدرک سطح دو حوزه علمیه (مورد تایید مدیریت مرکز حوزه علمیه) و تایید سه نفر از مجتهدین حوزه طب اسلامی.کیانوش جهانپور با کشیدن خط قرمزی روی جمله «تایید سه نفر از مجتهدین حوزه طب اسلامی» نوشت: انا لله و اناالیه راجعون و علی الاسلام السلام ... دکتر ظفرقندی رئیس کل سازمان نظام پزشکی نیز با صدور نامه‌ای خطاب به رئیس مجلس شورای اسلامی نسبت به طرح ایجاد سازمانی با عنوان طب اسلامی واکنش نشان داده خواستار توقف چنین طرح‌هایی در مجلس شورا شد.