او نخستین‌بار ۱۴ دی‌ماه ۹۳، در حالی که یک سال و نیم از دور اول ریاست‌جمهوری‌اش می‌گذشت، با اشاره به اینکه طی ۳۶ سال گذشته برای یک‌بار هم از اصل رجوع به آرای مردم که در قانون اساسی جمهوری اسلامی مندرج است، استفاده نشده، بر لزوم استفاده از همه‌پرسی تاکید کرد و گفت: «برای یک‌بار هم که شده، درباره مسائل بسیار مهم که ممکن است، اختلافی هم باشد و برای همه اهمیت دارد و در زندگی همه تاثیرگذار است، نظر مستقیم مردم پرسیده شود.»
رییس‌جمهوری بعد از آن هم بارها به این موضوع اشاره کرد؛ ۲۲ بهمن ۹۶، ۱۵ مرداد ۹۷، ۲۹ اردیبهشت ۹۸، ۴ خرداد ۹۸، ۱۵ مردادماه ۹۸، ۲۴ مهر ۹۸ همه و همه تاریخ‌هایی هستند که حسن روحانی در سخنرانی‌هایش به موضوع همه‌پرسی و گرفتن نظر مردم درباره موضوعات مختلف و البته محل اختلاف مسوولان صحبت کرده است. رییس‌جمهوری آخرین‌بار دی‌ماه سال جاری بر لزوم استفاده از رفراندوم اشاره کرد و گفت: «اصل ۵۹ قانون اساسی می‌تواند در مقاطعی که اختلاف‌نظر اساسی وجود دارد و اتفاق نظری وجود ندارد، مهم باشد. البته باید موضوع مهمی باشد و بحث و بررسی شود و در اختیار آرای عمومی و به رفراندوم گذاشته شود.» روحانی با اذعان به اینکه «سازوکار این اصل خیلی پیچیده است»، تاکید کرد که «بعد از ۴۰ سال می‌تواند یک‌بار اجرا شود.»
اگرچه روحانی هیچ‌گاه به‌طور روشن و صریح نگفته باید در چه حوزه‌ای سراغ آرای مستقیم شهروندان رفت، اما با تحلیل صحبت‌های او به سادگی می‌توان حدس زد که بیشترین اشاره او به مساله همه‌پرسی درباره روابط خارجی دولت است. حسن روحانی اما تنها مسوول جمهوری اسلامی نبوده که طول این سال‌ها از لزوم همه‌پرسی و استفاده از نظر مردم در برخی مسائل سخن گفته است. برخی نمایندگان مجلس دهم، گروهی از چهره‌های سیاسی و برخی وزرا مشخصا درباره موضوع FATF پیشنهاد برگزاری رفراندوم داده‌اند. یکی از کسانی که پیش از این هم از لزوم برگزاری رفراندوم در این حوزه گفته بود، علی مطهری است. او که پیش از این از برگزاری رفراندوم برای حل مشکلات تصویب FATF گفته بود، حالا در گفت‌وگو با نشریه «حریم امام» به بررسی بحث رفراندوم پرداخته و پیشنهادهایی درباره اجرای آن ارایه کرده است.
نایب‌رییس مجلس دهم معتقد است که «تعریف رفراندوم و همه‌پرسی روشن است» و «زمانی مساله همه‌پرسی به میان می‌آید که سازوکار موجود در قانونگذاری کافی نبوده و در واقع سامانه قانونگذاری کشور قادر به تصمیم‌گیری نیست و لازم است که به آرای عمومی مراجعه شود.» او با اشاره به اینکه «در قانون اساسی ما آمده که در مسائل بسیار مهم اقتصادی، سیاسی، اجتماعی و فرهنگی می‌توان اِعمال قوه مقننه را از طریق مراجعه به آرای عمومی و همه‌پرسی انجام داد»، گفته که این اتفاق در زمانی رخ می‌دهد که تصمیم‌گیری توسط مجلس با مشکل دچار شده و نیاز است که رای مستقیم مردم را بدانیم.
او مساله مهم در همه‌پرسی را موضوعی که بناست به همه‌پرسی گذاشته شود، دانسته و تاکید دارد که هر موضوعی مناسب این کار نیست و مثلا مسائل ایدئولوژیک و احکام اسلامی یا مسائل صرفا تخصصی را که باید تحت‌نظر متخصصان باشد، نمی‌توان به همه‌پرسی گذاشت؛ مگر اینکه متخصصان هم از تصمیم‌گیری عاجز و موضوع جنبه ملی داشته باشد.
علی مطهری این مطلب را منوط به آن می‌داند که آگاهی مردم از آن موضوع به حد نهایی خودش برسد؛ یعنی اگر موضوعی جنبه تخصصی دارد و متخصصان هم نتوانسته‌اند به اجماع برسند و بنا شده که به همه‌پرسی گذاشته شود، باید صورت مساله کاملا برای مردم روشن و منافع و مضار آن توضیح داده شود. به عنوان مثال آن بحث باید برای مدتی طولانی در صداوسیما مطرح شود و موافقان و مخالفان صحبت کنند تا مردم به همه جوانب آن مساله آگاه شوند. مطهری معتقد است که «در جایی که واقعا نظام به یک تصمیم روشن نرسیده باشد و اختلافات بر سر یک موضوع زیاد باشد، نمی‌توان از طریق مراجعه به آرای عمومی آن مساله را حل کرد» و «باید مسائلی خارج از احکام اسلام باشد یا اگر موضوع، تخصصی است و جنبه ملی دارد متخصصان کشور نتوانسته باشند به تصمیم قاطعی برسند.» او با اشاره به اینکه «قانون اساسی ما این راه را باز گذاشته»، توضیح داده که «در قانون اساسی ما آمده است که درخواست همه‌پرسی، باید به تصویب دوسوم نمایندگان مجلس برسد و فرمان همه‌پرسی، توسط مقام رهبری صادر می‌شود و باید به تایید ایشان برسد. قاعدتا موضوع همه‌پرسی باید از طریق مجلس پیشنهاد شود، زیرا وقتی می‌گویند که می‌خواهند همه‌پرسی راتصویب کنند باید موضوع آن مشخص باشد. باید این مراحل را طی کرد.»
به گفته مطهری، رفراندومی معتبر و قانونی است که مردم با آگاهی در آن شرکت کنند و اطلاعات کافی درباره موضوع آن به مردم داده شده باشد و علت و ضرورت همه‌پرسی برای آنها معلوم باشد تا مردم باانگیزه لازم وارد میدان شوند ولی اگر بخواهد حالتی صوری و ساختگی پیدا کند، طبیعی است که اثر معکوس خواهد داشت، آنچنان که در رفراندوم انقلاب شاه و ملت یا انقلاب سفید، روشن بود که یک نمایش است و واقعیت ندارد. این چهره سیاسی میانه‌رو با بیان اینکه «قاعدتا در کشور ما اگر رفراندومی انجام شود، یک همه‌پرسی واقعی و قانونی خواهد بود»، بار دیگر بر اهمیت «موضوع رفراندوم» و لزوم «ضرورتش» تاکید کرد.
مطهری مسائلی مانند پیوستن یا نپیوستن به FATF یا توافق برجام را تا حد زیادی تخصصی می‌داند اما در عین حال معتقد است که اگر بنا باشد اختلافات درباره این موضوعات به جایی برسد که کشور دچار بن‌بست شود و منافع کشور به خطر بیفتد و لازم باشد که زودتر تکلیف این موضوع روشن شود، این‌گونه مسائل را هم می‌شود به همه‌پرسی گذاشت. او از FATF به عنوان مصداق «مساله بسیار مهم اقتصادی» که در قانون اساسی آمده و از رابطه با امریکا به عنوان «مساله بسیار مهم سیاسی» یاد کرده و با تمییز قائل شدن میان رابطه و مذاکره می‌گوید: «تکلیف مذاکره معلوم است؛ یعنی در یک شرایطی صلاح نیست و در یک شرایطی ممکن است صلاح باشد. ولی بحث رابطه، یک موضوع کلی‌تر است. در قانون اساسی آمده که در مسائل بسیار مهم سیاسی، اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی می‌توان رفراندوم و همه‌پرسی داشت.» در حال حاضر، در مورد مسائل اجتماعی و فرهنگی مصداقی به خاطر نمی‌آورم که موضوعی لازم به همه‌پرسی باشد.
این نماینده ادوار مجلس معتقد است که «با وارد کردن مردم در سرنوشت خودشان، اعتماد آنها به نظام سیاسی کشور بیشتر می‌شود. احساس مشارکت می‌کنند و همکاری بیشتری با حکومت خواهند داشت»، همچنین انجام همه‌پرسی «کشور را در جاهایی از بن‌بست خارج می‌کند»، این در حالی است که «ممکن است سیاسیون، بر اثر رقابت شدیدی که با هم دارند و احیانا بر اثر لجاجت و بی‌تقوایی، گاهی نتوانند به توافق درباره یک مساله بسیار مهم اقتصادی یا سیاسی برسند.» به گفته او، در چنین شرایطی «مراجعه به آرای مردم می‌تواند مفید باشد، البته به شرطی که صورت‌مساله کاملا برای مردم روشن و اطلاعات کافی به آنها داده شده باشد.» مطهری همچنین موضوع «نظارت استصوابی» را یکی دیگر از موضوعاتی دانسته که «می‌تواند به رای مردم گذاشته شود که آیا نظارت شورای نگهبان بر انتخابات، صرفا شامل مسائل مالی و اخلاقی کاندیداهاست یا اینکه شامل انتقاد و اظهارنظر نیز می‌شود؟» به گفته او، صورت مساله باید برای مردم توضیح داده شود که راجع به چه چیزی رای می‌دهند؛ زیرا این یک مساله شرعی و جزو احکام دین نیست. مساله‌ای تخصصی هم نیست که بگوییم مردم حق اظهارنظر ندارند. در واقع موضوعی است که هر شهروند عادی هم می‌تواند درباره‌اش اظهارنظر کند؛ لذا این مساله هم با توجه به اینکه مشکلاتی برای کشور ایجاد کرده، می‌تواند یک موضوع همه‌پرسی باشد.