در پی اظهارات اخیر دکتر علیرضا رئیسی معاون بهداشت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی که گفته بود هیچ‌گونه پروتکلی در قم رعایت نشده، قرارگاه حوزوی انقلاب اسلامی به این اظهارات واکنش نشان داد و در نامه‌ای این اظهارات را گزاف، غیرعلمی و غیرمنصفانه خواند.
قرارگاه حوزوی انقلاب اسلامی در نامه خود اعلام کرده قم، پیشتاز در مبارزه با ویروس کرونا بوده و طبق اعلام رئیس دانشگاه علوم پزشکی قم، دارای التزام بالا به پروتکل هاست و از آنجا که این شهر به عنوان نماد هویتی شیعه مطرح است نباید با اظهارات نسنجیده موجب راه‌اندازی قم هراسی شد. این قرارگاه حوزوی طی نامه‌ای به دکتر نمکی وزیر بهداشت خواهان برکناری رئیسی و نیز محاکمه او به دلیل تشویش اذهان عمومی شده است.