ماجرا از این قرار بوده که در ۲۱ مهرماه ۱۴۰۰ درست ۲۰ روز پس انتصاب سعید محمد به سمت دبیر شورای عالی مناطق آزاد و ویژه کشور، او نامه‌ای به تمام مدیران عامل مناطق می‌زند که در آن ۴ مورد دستور جدید صادر می‌شود که طی آن تاکید شده در راستای هماهنگی در پیشبرد اهداف سازمانی مناطق آزاد، اولا همه تفاهمنامه‌ها و قراردادها قبل از انعقاد باید به اطلاع دبیرخانه برسد. دوما تمام انتصابات باید با هماهنگی دبیرخانه انجام شود. سوما تمام سفرها و ماموریت‌های داخلی و خارجی با دبیرخانه هماهنگ شود و چهارما اینکه هرگونه قرارداد اعم از واگذاری، اجاره، فروش و مشارکت قبل از انعقاد به اطلاع دبیرخانه شورای عالی مناطق برسد و درصورت موافقت با آن، اقدام به انعقاد قرارداد شود.
در این نامه همچنین هشدار داده شده که در صورت عدم رعایت این دستورالعمل، با مدیران عامل مناطق برخورد خواهد شد و مسئولیت عدم رعایت مشخصا بر عهده مدیران اعلام شده است. این مصوبه سعید محمد در مناطق آزاد البته با مخالفت‌های روبرو شده است. منتقدان از روز اعلام این دستور العمل گفته بودند مناطق آزاد شخصیت حقوقی مستقل دارند و بر اساس قوانین و مقررات، توسط هیات مدیره سازمان‌ها اداره می‌شوند، نه دبیرخانه.
همچنین هیات مدیره مناطق هم از سوی اعضای هیات دولت که مجمع مناطق هستند و با موافقت رییس جمهور انتخاب می‌شوند بنابراین مصوبه جدید سعید محمد مغایر قانون است. در بازه شش ماه سال گذشته تمام مناطق آزاد جنوب کشور از جمله کیش، قشم، چابهار و اروند همزمان با سرپرست اداره مدیریت شوند. نکته دیگر اینکه این شائبه درباره احکام سعید وجود دارد و آن اینکه گفته شده افرادی که در هیات مدیره و سطح مدیران و معاونین سازمان‌ها منصوب شده‌اند، عمدتا اعضای ستاد انتخاباتی سعید محمد بوده‌اند.همه اینها در حالی بوده همه احکام از سوی محمد بدون مصوبه دولت صادر شده که این موارد هیچکدام مطابق قانون نبوده است. پیامد صدور این احکام این است که آنها تا زمانی‌که عضو هیات مدیره نشده‌اند، حق امضای اسناد تعهدآور را هم ندارند.
دستورالعمل جدید این تصور را برای دبیرخانه ایجاد کرده که دبیر مناطق رییس بالادست مناطق است. این در حالی است که چنین اختیاری در قانون به دبیر داده نشده است. اینکه آیا دبیر باید رئیس مدیران باشد و قانون باید عوض شود، بحث دیگری است اما اینکه قانون در حال حاضر چیست، یک بحث دیگر. در حال حاضر قانون تاکید کرده که دبیر به عنوان رئیس مدیران عامل مناطق نیست بلکه تنها متولی هماهنگی با سایر دستگاه‌های اجرایی است.
مکاتبات اخیر و دستور المعل‌های صادر شده موجب شد که در تبصره بودجه سالهای گذشته، نمایندگان مجلس در تصمیمی جدید اختیارات، وظایف، ساختار و تشکیلات دبیرخانه را به وزارت اقتصاد منتقل کنند و وزیر را پاسخگو به مجلس بدانند.البته سعید محمد پیش از این تلویحا از کاهش اختیارات مدیران انتقاد کرده بود و گفته بود «مدیران مناطق هیچ اختیاری در مناطق آزاد ندارند. امارات برای مناطق آزاد یک امیر گذاشته و امور بندر، فرودگاه و بانک را انجام می‌دهد، ترکیه برای این کار والی منصوب کرده اما مدیران ما اختیاری ندارند.»
نکته عجیب آنکه دستور العمل سعید محمد کاملا در تضاد با دیدگاه‌های او بوده است؛ از یک طرف او در جلسه‌ای که در ستاد اقتصادی استان خوزستان برگزار شده، از نداشتن اختیارات گلایه می‌کند و از سوی دیگر خودش مابقی اختیارات را کاملا از مدیران عامل می‌گیرد. احتمالا به دلیل همین انتقاد بوده که سعید محمد با دستورالعمل‌های جدید خود خواسته به دنبال افزایش اختیاراتش بوده است؛ این در حالی است که دستورهای جدید هیچکدام منطبق بر قانون نبوده است. یکی از مواردی که دلیل غیرقانونی بودن دستور سعید محمد بوده، نامه‌ای از اسحاق جهانگیری است که در تاریخ ۱۷ آبان ۱۳۹۶ بوده که با دستور اسحاق جهانگیری معاون اول وقت رئیس جمهور و با پیشنهاد رئیس سازمان اداری و استخدامی در اجرای بند الف ماده ۶۵ قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور، مدیران عامل سازمان‌های مناطق آزاد و تجاری، هم‌تراز با مقامات مطابق قانون مدیریت خدمات کشوری تعیین می‌شوند.
بر پایه قوانینی که وجود داشته، شکایتی از دستورالعمل جدید دبیرخانه مناطق آزاد شده که به دیوان عدالت اداری رفته است. دیوان عدالت اداری پس از بررسی ماجرا رای خود را اینگونه صادر کرده است که دستورالعمل دبیر شورای عالی مناطق ازاد خارج از صلاحیت مقام صادرکننده آن است و در قانون چگونگی اداره مناطق آزاد مصوب سال ۱۳۷۲ مقرر کرده که هر منطقه توسط سازمانی که به صورت مشترک با شخصیت مستقل تشکیل شده و سرمایه آن متعلق به دولت است، اداره می‌شود. ضمن اینکه بر اساس ماده ۸ قانون مذکور سازمان و شرکت‌های تابعه آن مجاز هستند قرارداد‌های لازم را با اشخاص حقیقی و حقوقی منعقد کنند و با سرمایه‌گذاری داخلی و خارجی با رعایت اصول قانون اساسی برای انجام طرح‌های عمرانی و تولیدی مشارکت کنند