امری که انتقادات بسیاری به همراه داشته و حتی آیت‌الله محقق‌داماد عضو هیئت علمی دانشگاه شهید بهشتی با انتقاد از وابستگی مالی حوزه‌های علمیه به دولت گفته است: آیت‌الله بروجردی حوزه را در برابر حکومت با هر مشکلی اداره کرد؛ اما امروز یکی از مشکلات حوزه این است که وابسته به دولت و حکومت شده است.آیت‌الله محقق‌داماد، استاد حوزه و دانشگاه که در نشست بررسی کتاب «صدسالگی حوزه قم و مسائل جامعه ایران» که در خانه اندیشمندان علوم انسانی برگزار شد، سخن می‌گفت، افزوده است: «اولین كسی كه این اشتباه را كرد و برای حوزه بودجه تعیین کرد، آقای محمد خاتمی بود».
این حقوق‌دان تأکید کرد: «حوزه باید از بودجه مردمی استفاده كند كه با طیب خاطر پول را بدهند، حوزه باید استقلال داشته باشد». او ادامه داد: «حاج شیخ عبدالکریم حائری به دلیل آنکه جایگاه روحانیت در جامعه را رو به تباهی دید، در قم ماند و تأکید داشت تا حوزه‌ای مبتنی بر عقلانیت، علم و اخلاق شکل دهد. او بر جدایی حوزه از سیاست تأکید داشت و توانست بار دیگر روحانیت را در قلب مردم جای دهد».
او با استناد به تاریخ حوزه علمیه قم تصریح کرد: «قم هیچ‌گاه جای افراد تندرو نبوده است. این شهر محل درس و اعتدال بوده است. حتی کسانی که در زمان آیت‌الله بروجردی تندروی داشتند، توسط ایشان از قم اخراج شدند». استاد حوزه علمیه تصریح کرد: «ایشان معتقد بود که اگر طلاب وارد سیاست شوند، دوباره همان بدنامی ایجاد می‌شود. ایشان زمانی حوزه را تأسیس می‌کند که به گفته امام اگر ماشین خراب می‌شد، به طلبه می‌گفتند پایین بیا که به خاطر تو است. مرحوم آل‌طاهای واعظ مطلبی را نقل کردند که شیخ عبدالکریم به دیدن آشیخ محمد ارباب یکی از علما می‌رود. آقای ارباب می‌گوید ریش ما در جنگ مشروطه و استبداد آلوده شده و ما در بین مردم آبرویی نداریم که حوزه داشته باشیم. گاهی چند طلبه می‌آیند و درس می‌خوانند و می‌روند؛ اما شما در سیاست دخالت نکردی و شما فقط می‌توانی اینجا تشکیل حوزه بدهی».
او تصریح کرد: «بعد از این 40 سال ما درستی تحلیل ایشان را می‌بینیم. حرف‌ها و نصیحت‌های ایشان به طلبه‌ها هم مؤید این است. او به طلبه‌ها توصیه می‌کرده که ازدواج موقت نداشته باشید. مراقب زنان خود باشید. ایشان روزی در درس گفته بود «طلاب! ازدواج موقت نکنید که خانمتان ناراحت شود» .
یکی داد می‌زند که یاد خلیفه دوم به خیر. حاج شیخ می‌گوید اگر مخالفت ایشان هم برای این کار بوده، کار خوبی کرده است. انتقاد از بودجه حوزه‌های علمیه هرساله در فصل بودجه‌ریزی بالا می‌گیرد، از یک سو بحث عدم استقلال حوزه‌های علمیه مطرح است و از سویی دیگر خروجی و عملکرد آنها که با بودجه دولتی ارتزاق می‌کنند، نامشخص است». حوزه‌های علمیه و مؤسسات وابسته به آنها و همین‌طور بنیادها و مؤسساتی که خارج از دستگاه‌های مرتبط با قوای سه‌گانه و متعلق به افراد خاص و موضوعات خاص هستند، در سال‌های اول انقلاب ردیفی در بودجه کل کشور نداشتند. اختصاص‌یافتن ردیف به این مجموعه، بار اضافی سنگینی بر دوش بودجه و در واقع ملت بود که سال‌هاست اتفاق افتاده و به‌تدریج گسترش پیدا کرده است.حوزه‌های علمیه در طول تاریخ، مستقل از دولت‌ها اداره می‌شدند و بودجه آنها از وجوه شرعیه و هدایای مردم تأمین می‌شد.
همین ویژگی موجب استقلال حوزه‌ها و روحانیت شیعه بوده و زمینه‌ساز قدرت معنوی و نفوذ فوق‌العاده مراجع و علمای دین در قلب توده‌های مردم شد. حوزه‌های علمیه به توصیه اکید امام خمینی (ره) مبنی بر پرهیز از دریافت بودجه دولتی عمل نکردند و همین وابستگی به بودجه دولتی علاوه بر ضربه‌واردکردن به استقلال حوزه‌ها و روحانیت، میان آنها و مردم نیز فاصله انداخت. از‌این‌رو بارها بحث ضرورت قطع‌کردن بودجه دولتی حوزه‌ها برای از‌بین‌رفتن فاصله ایجادشده بین مردم و حوزه‌ها مطرح شده؛ اما هر بار شاهد افزایش چشمگیر بودجه این مراکز بوده‌ایم.طبق لایحه بودجه ۱۴۰۱ که لایحه شفاف و همراه با جزئیات هم نیست، بودجه مرکز خدمات حوزه‌های علمیه دو‌هزار‌و ۸۰۹ میلیارد تومان است و در سال ۱۴۰۰، هزار‌و ۴۰۱ میلیارد تومان بوده است.
آن‌طور که در این لایحه آمده، سهم بودجه مرکز خدمات حوزه‌های علمیه از سازمان حفاظت محیط زیست بیشتر است. بودجه سازمان محیط زیست در لایحه بودجه ۱۴۰۱، دو‌هزار‌و ۱۵۷ میلیارد تومان است. ۴۳ دستگاه مذهبی در بودجه سال ۱۴۰۰، هفت‌هزارو 252میلیارد‌و ۶۰۰ میلیون تومان بودجه گرفتند که سهم برخی از آنها به طور جداگانه بیشتر از بودجه سازمان‌هایی مانند ستاد کل بحران کشور بود.حال در جدول هفتم لایحه بودجه ۱۴۰۱، بودجه اجرائی برخی از مؤسسات و سازمان‌های مذهبی نوشته شده؛ اما نه به طور کامل، زیرا بودجه سازمان‌های اوقاف و امور خیریه، فرهنگ و ارتباطات اسلامی و مؤسساتی مانند جامعه‌المصطفی العالمیه، دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم، حوزه هنری سازمان تبلیغات اسلامی و... که سهم بالایی از بودجه سازمان‌های مذهبی را به خود اختصاص می‌دهند و همیشه نقدهای بسیاری به سهم بالای آنها از بودجه وجود داشته، سهمشان در سال ۱۴۰۱ در لایحه بودجه فعلی اعلام نشده است.
برای مثال بودجه جامعه‌المصطفی یکی از اصلی‌ترین دریافت‌کنندگان بودجه دولتی در بودجه ۱۴۰۰ در مقایسه با سال ۹۹ رشدی ۷۵ درصدی داشت. با این میزان افزایش بودجه، جامعه‌المصطفی به بودجه‌ای معادل بودجه سازمان آموزش و پرورش کشور دست یافته بود. نکته مهم آنجاست که جامعه‌المصطفی بر‌خلاف همه دانشگاه‌ها و مراکز علمی کشور، معافیت مالیاتی نیز دارد. گویا امسال برای گریز از انواع نقدها به بودجه جامعه‌المصطفی و سایر سازمان‌های بحث‌بر‌انگیز، خبری از جزئیات نیست.اما از آنچه در بودجه آمده هم نباید غافل ماند، برای نمونه بودجه سازمان تبلیغات اسلامی از 075/1 میلیارد تومان به 533/1 میلیارد تومان رسیده؛ یعنی ۴۳ درصد رشد داشته است. شورای عالی حوزه‌های علمیه نیز از 1/259 میلیارد تومان در سال قبل با رشدی ۳۷ درصدی به مبلغ ۱/۷۱۹ میلیارد تومان رسیده است.
همچنین بودجه شورای سیاست‌گذاری حوزه علمیه خواهران با رشدی ۱۸ درصدی نسبت به پارسال از ۳۹۱ میلیارد تومان به ۴۶۰ میلیارد تومان افزایش یافته است. مؤسسه نشر آثار امام خمینی با ۱۲۴ درصد رشد به ۷۷.۳ میلیارد تومان رسیده است. مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی هم با ۵۳ درصد رشد به مبلغ ۳۸.۴ میلیارد تومان افزایش یافته است.
دانشگاه اهل بیت نیز با ۵۱ درصد رشد به ۲۷ میلیارد تومان رسیده است. سازمان بسیج نیز با ۴۵ درصد رشد، بودجه‌اش به سه‌هزارو 83 میلیارد تومان افزایش یافته است. بودجه مرکز الگوی اسلامی و ایرانی پیشرفت هم رشد ۱۵۸ درصدی داشته و به ۲۲ میلیارد تومان رسیده است.البته در‌این‌بین با گسترش انتقادها به جداول بودجه این مراکز دینی، سازمان برنامه درباره تغییرات بودجه نهادهای مذهبی توضیح داده و گفته است: با توجه به ساماندهی بودجه دستگاه‌های مشابه در یک دستگاه مادر در لایحه بودجه سال ۱۴۰۱، مقایسه بودجه این دستگاه‌ها با ردیف مشابه در سال‌های قبل نادرست است.
بر‌اساس اعلام این سازمان دولت در راستای تمرکززدایی از روند بودجه‌ریزی و تخصیص بودجه و کاهش اثرگذاری چانه‌زنی‌ها در این زمینه، در لایحه بودجه سال ۱۴۰۱ اقدام به تجمیع بودجه دستگاه‌های مشابه در یک دستگاه بزرگ‌تر کرده است. رقم درج‌شده در لایحه بودجه ۱۴۰۱ به‌عنوان اعتبارات هزینه‌ای و عمرانی سازمان تبلیغات اسلامی و سایر نهادها، صرفا مختص به این سازمان نبوده و شامل مجموع اعتبارات نهادهای تجمیعی در ردیف بودجه سازمان تبلیغات بوده است.
مقایسه ارقام ردیف بودجه سازمان تبلیغات در لایحه بودجه ۱۴۰۱ با بودجه‌های سال‌های قبل از اساس نادرست است؛ بنابراین باید منتظر ماند تا با نهایی‌شدن بودجه از صحت ریز تغییرات در بودجه حوزه‌های علمیه مطلع شد و فقط شنیده‌ها حاکی است حداقل رشد صد درصدی برای کل مجموعه سازمان‌های دینی و حوزوی دور از دسترس نخواهد بود.