آقابابایی پیش از این به عنوان مدیرعامل شرکت سرمایه‌گذاری سپه به خدمت مشغول بود و قبل از آن مدیریت عامل صندوق تثبت بازار سرمایه را بر عهده داشت. وی دارای مدرک دکترای علوم اقتصادی از دانشگاه تهران و عضو هیأت علمی دانشگاه خوارزمی است. آقابابایی علاوه بر تجربه حضور در نظام بانکی کشور، دارای سوابق مدیریتی در نهادهای مالی نظیر شرکت‌های سرمایه‌گذاری و کارگزاری‌هاست که در مراسمی با حضور دکتر مرادپور سرپرست معاونت بانک و بیمه وزارت امور اقتصادی و دارایی و هیات مدیره و مدیران صندوق بازنشستگی بانک‌ها، سیدمهدی سدیدی تودیع و محمد ابراهیم آقابابایی معارفه شد.