اما یکی از مهم‌ترین مشکلات نظام مالیاتی در ایران فرار مالیاتی است که عبارت است از تلاش غیرقانونی به منظور نپرداختن مالیات و اغلب گفته می‌شود فرار مالیاتی زاییده فعالیت‌های غیررسمی و پنهان در اقتصاد است و به هر نوع اقدام غیرقانونی برای کتمان درآمد به منظور نپرداختن مالیات فرار مالیاتی اطلاق می‌شود.
به اندازه بودجه ۱۵ استان کشور فرار مالیاتی داریم
در همین رابطه رجب رحمانی، عضو کمیسیون برنامه و بودجه و محاسبات مجلس اخیرا اعلام کرده در حال حاضر به اندازه بودجه ۱۵ استان کشور فرار مالیاتی در کشور داریم. او میزان فرار مالیاتی در یک سال اخیر را حدود ۴ میلیارد دلار برآورد کرده و گفته است: جلوگیری از فرار مالیاتی در اولویت بودجه ۱۴۰۱ قرار می‌گیرد. عباس هشی، تحلیلگر مسائل اقتصادی و عضو هیات علمی دانشگاه شهید بهشتی در این باره معتقد است؛ هیچ جای شک و شبهه‌ای نیست که فرار مالیاتی در کشور زیاد است، اما بنده بر این باورم رقمی که برای فرار مالیاتی عنوان شده بسیار بیشتر از ۴ میلیارد دلار است. هشی گفت: اقتصاد زیرزمینی و عدم شفافیت و فقدان انضباط مالی زمینه حساب‌دهی را کاهش داده است. او افزود: همواره مالیات کشور را ضریبی از جی‌دی‌پی در نظر می‌گیرند و کل تعاملات ریالی آن را به دست می‌آورند.
اقتصاد زیرزمینی در دهه ۷۰ حدود ۶۵ درصد بود
این تحلیلگر اقتصادی خاطرنشان کرد: در دهه ۷۰ اقتصاد زیرزمینی کشور حدود ۶۵ الی ۷۰ درصد برآورد می‌شد که در تایید این مطلب محمد شریعتمداری، وزیر بازرگانی وقت در سال ۱۳۷۶ اعلام کرد میزان قاچاق در کشور که یکی از بخش‌های فرار مالیاتی محسوب می‌شود ۶ میلیارد دلار برآورد شده این در حالی است که کل درآمد کشور در آن زمان ۸ میلیارد دلار بود! او ادامه داد: حال اگر ضریب سود فعالیت‌های اقتصادی را ۳۰ درصد در نظر بگیریم و نرخ وصول مالیات را هم ۲۵ درصد فرض کنیم مالیات مورد انتظار در کشور ۷.۵ درصد جی‌ام‌پی یا جی‌دی‌پی است. هشی تصریح کرد: بر اساس آمار‌ها در حال حاضر میزان تولید ناخالص ملی ایران بیش از ۳۰۰ میلیارد دلار برآورد می‌شود، پس اگر ۷.۵ درصد ۳۰۰ میلیارد دلار تولید ناخالص ملی را محاسبه کنیم حدود ۲۱ میلیارد دلار فرار مالیاتی در کشور وجود دارد. او ادامه داد: برای محاسبه این عدد کافی است (۵ درصد بودجه کل کشور را مالیات در نظر بگیریم و آن را با کل مالیاتی که وصول شده مقایسه کنیم و مابه‌التفاوت آن فرار مالیاتی خواهد بود).
۷۰ درصد بودجه در بخش دولتی صرف می‌شود
عضو هیات علمی دانشگاه شهید بهشتی گفت: امروز بیش از ۷۰ درصد بودجه در بخش دولتی صرف می‌شود و هیچ کدام از این شرکت‌های دولتی از مالیات معاف نیستند و به همین موضوع هم می‌توان استناد کرد و متوجه شد این عدد خیلی بیشتر از ۴ میلیارد دلاری است که بیان شده است.
ابزار ترفند قانونگذار راهی برای فرار مالیاتی
این تحلیلگر مسائل اقتصادی ادامه داد: علت آنکه فرار مالیاتی در ایران زیاد است، این است که گاهی با ابزار ترفند قانونگذار خودش زمینه آن را برای این قضیه ایجاد می‌کند به عنوان نمونه مالیات خرید و فروش ملک و دارایی ثابت ... به جای آنکه روی سود واقعی محاسبه شود در ضریب خیلی پایین‌تری محاسبه می‌شود یا اینکه مالیات کل فعالیت‌ها در بازار سرمایه تنها ۰.۵ درصد است و این در حالی است که اصلا نمی‌توان وارد فعالیت‌های دلار و بیت‌کوین در بحث اخذ مالیات شد. او افزود: در کنار این موضوع ظلم واقعی به کارگر می‌شود، چراکه اگر کارگری رقم پایینی دریافتی داشته باشد روی ۲ میلیون تومان آن باید ۱۰ درصد مالیات پرداخت کند و اگر اضافه کاری و پاداش هم داشته باشد ۲۰ درصد آن را باید مالیات پرداخت کند این در حالی است که در شرکت‌های مشاوره سهام، کارگزاری‌ها و فعالان بازار سرمایه، فردی که ۱۵ میلیارد تومان از معاملات درآمد به دست می‌آورد کل سودش از مالیات معاف است که این موضوع را در هیچ جای دنیا در بخش بازار سرمایه نمی‌بینیم.
الزام بازگشت دوباره ماده ۱۲۹ قانون مالیات‌ها
او ادامه داد: امروز ضرورت دارد همان‌گونه که امضا‌های طلایی‌ها را حذف کردند، ابزار ماده ۱۲۹ قانون مالیات‌ها که در سال ۱۳۴۶ در قانون کشور گنجانده و از قوانین اروپا گرفته شده بود مجددا به‌کار گرفته شود. هشی گفت: در این قانون الزام دارد هر فردی اظهارنامه مجموعه درآمد‌های خود را ارایه دهد و سیستم درآمدی مردم هم به سیستم تراکنش بانکی متصل باشد، این در حالی است که برای سال‌هاست ایران از این قضیه محروم است، زیرا چک در وجه حامل رایج بود. او افزود: خوشبختانه در ۴۰ سال اخیر با متصل کردن کلیه دریافت و پرداخت‌ها به تراکنش‌های بانکی زمینه برای اتصال به سازمان دارایی فراهم شده، اما آنچه باید احیا شود الزام بر ماده ۱۲۹ است که تا قبل از انقلاب این ماده قانونی رعایت می‌شد و مسوولان دولتی اعم از وزرا و معاونین و... آن را رعایت می‌کردند، اما پس از انقلاب حتی رییس‌جمهور‌ها هم آن را رعایت نکردند. او گفت: از مرحوم آقای هاشمی‌رفسنجانی که از سال ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۶ رییس‌جمهور بودند تا آقای خاتمی که از سال ۱۳۷۶ رییس‌جمهور شدند اظهارنامه مالیاتی ندادند و در سال ۱۳۸۰ کلا ارایه اظهارنامه مالیاتی از قانون حذف شد.
او گفت: در این سال‌ها متاسفانه با لابی مجلس شورای اسلامی این ماده از قانون حذف شد که از متهمان این موضوع وزارت اقتصاد و نمایندگان مجلس هستند. او تنها راهکار رفع این مشکل را بازگردان ماده ۱۲۹ به قانون مالیات‌ها یا همان ماده ۱۲۹ مکرر دولت احمدی‌نژاد عنوان کرده و گفت: نبود انضباط مالی و عدم شفافیت و عدم اجرای قانون مبارزه بافساد بر اساس اصل ۴۹ (که حکم حکومتی آقای خمینی و بیش از ۲۰ حکم آقای خامنه‌ای را شامل می‌شود)، ادامه اقتصاد دولتی و معافیت‌های بی‌منطق مالیاتی باعث کاهش مالیات‌ها و فرار مالیاتی شده است.