ماجرا از آنجا آغاز شد که روز پنج شنبه سخنرانی وزیر بهداشت در اصفهان منتشر گردد. سعید نمکی در این سخنرانی به تندی وضعیت تحقیقات درباره کرونا به ویژه در مجموعه معاونت خود را زیر سوال برد. سعید نمکی به طور مشخص از عدم پاسخ معاونت تحقیقات این وزارتخانه به ریاست ملک‌زاده به نامه مهم و آنی ۸ ماه پیش از آن تاریخ وی در خصوص نیاز به تحقیقات در زمینه‌های مربوط به همه‌گیری بیماری کرونا گلایه کرده بود. سخنان نمکی با نامه‌ای بی‌سابقه از سوی ملک‌زاده همراه شد. نامه‌ای که هم استعفا بود و هم شورش علیه وزیر. ملک‌زاده در این نامه سیاست‌های مدیریتی نمکی را به شدت نقد کرده و از عملکرد تحقیقاتی وزارت بهداشت دفاع کرده است. استعفای رضا ملک‌زاده بحران مدیریتی مهمی در وزارت بهداشت ایجاد کرده و بسیاری معتقدند یا باید وزیر استعفا دهد و یا اینکه رییس جمهور او را بر کنار کند.
اتهام به ملک‌زاده
در این بین برخی ملک‌زاده را متهم می‌کنند که اطلاعات پزشکی و تحقیقاتی ایران را به خارج از کشور منتقل کرده است. این ادعا از سوی رسانه‌های اصولگرا مطرح می‌شود. اتهامی که به مطالعات کوهورت بر می‌گردد و ملک‌زاده درباره این مطالعات در نامه به نمکی نوشت: "در خصوص مطالعات اپیدمیولوژی کووید -۱۹ نیز در حالی توان پژوهشگران ایران در این حیطه را زیر سوال برده‌اید که ایران سابقه مطالعات کوهورت آینده‌نگر وسیع را داشته و به مطالعات ملی اپیدمیولوژی آینده‌نگر در جهان شناخته شده است و تلاش‌های علمی ایران در این نوع مطالعات به همکاری‌های علمی بی‌شمار و دستاوردها و افتخارات ملی و بین‌المللی ماندگار انجامیده است. مطالعات اپیدمیولوژیک کووید -۱۹ به پشتوانه تجارب در چنین مطالعاتی در حال انجام است."
اما سایت اصولگرای مشرق ادعای دیگری در این‌باره مطرح می‌کند. این سایت ملک زاده را متهم می‌کند که اطلاعات ژنتیکی ایرانی‌ها را به کشورهای خارجی داده است. مشرق نوشت: «دکتر ملک‌زاده اطلاعات بیش از ۳۰۰۰ بیمار کرونایی را به کشورهایی داده که تجربه ثابت کرده اگر هم داروی درمان کرونا را کشف کنند قطعاً داروی مورد نظر را در اختیار ایران قرار نخواهند داد و عجیب‌تر این که پس از این همه دست و دل‌بازی ضد امنیتی، معاون محترم وزیر بهداشت اعلام کرده داروهای گران‌قیمتی که روی این افراد آزمایش شده هیچ تاثیری در بهبود بیماری کرونا نداشته‌اند! البته این اولین گاف امنیتی ملک‌زاده نیست.»
ادعایی مشابه به همین از سوی محمود احمدی نژاد رییس جمهور پیشین مطرح شده است. با این تفاوت که او از کسی نامی نبرده است. احمدی نژاد در گفت‌وگوی اخیر خود درباره کرونا مدعی است داروهایی که هنوز آزمایش خود را پس نداده‌اند روی مردم ایران آزمایش می‌شود.
احمدی نژاد در این باره گفت: «در یک پروژه تحقیقات بهداشت جهانی که می‌خواستند دارویی را روی یازده‌هزار نفر در کل دنیا آزمایش کنند، آن مقدار که من اطلاعات گرفتم متأسفانه 3500 مورد آن در ایران اتفاق افتاده است و من شنیدم یک فرد مسئول، قرارداد بسته و پول گرفته است. انسان چگونه می تواند این را هضم کند؟ دارند جان مردم ما را به خطر می‌اندازند؟ یک چیزی که خودشان می‌گویند اثری ندارد و باید آن را آزمایش کنند، آن وقت اجازه دهند تا آن را در ایران آزمایش کنند! بعد هم به عنوان کار تحقیقاتی قرارداد ببندند و پول بگیرند! اطلاعات مردم ما را بگیرند و به آنها بدهند؟ یک دارویی را تجویز بکنند و بابت آن پول بگیرند! حتی من شنیدم افرادی مسئول بودند و نمی‌خواستند در آن پروژه آزمایش دارو، این اطلاعات به سازمان بهداشت جهانی داده شود که عزلشان کردند، این کارها غلط است و باید درستش کنند.»
مطالعات کوهورت که به آنها مطالعات پیگیری نیز می گویند، گروهی از مطالعات تحلیلی مشاهده ای و همچنین از دسته مطالعات طولی هستند. واژه کوهورت (همگروه) را اپیدمیولوژیست‌ها برای گروهی از افراد که از نظر یک خصوصیت مشترک می باشند و به دلیل آن خصوصیت در طول دوره زمانی تحت نظر محقق قرار می گیرند به کار می بردند. در یک مطالعه همگروهی، گروهی از افراد مواجهه یافته به همراه گروهی از افراد مواجهه نیافته، در طول یک دوره زمانی پیگیری می شوند و در پایان دوره بروز بیماری (پیامد) در دو گروه با یکدیگر مقایسه می گردد. این مطالعات در ایران از سال 66 آغاز شده است و یکی از نمونه های موفق آن در استان گلستان پیرامون سرطان مری انجام شد.