یک منبع آگاه در سازمان قضایی نیرو‌های مسلح در گفتگو با باشگاه خبرنگاران گفت: پرونده مربوط به عیسی شریفی همچنان در مرحله صدور کیفرخواست قرار دارد و بزودی به دادگاه ارسال می‌شود.وی افزود: طبیعتا قبل از بررسی پرونده‌ای در دادگاه نمی‌توان حکمی صادر کرد و خبر اعدام شریفی از اساس کذب است. این منبع آگاه ادامه داد: تمامی متهمان این پرونده در بازداشت هستند و بزودی و بعد از ارسال کیفرخواست به دادگاه، جلسات رسیدگی به اتهامات آن‌ها برگزار می‌شود.
اما عیسی شریفی کیست؟
شریفی ۱۲ سال در سایه بود، مرد شماره دو شهرداری بود، اما کم‌تر کسی او را می‌شناخت و حتی اسمش را بلد نبود تا اینکه شورای شهر جدید بر سرکار آمد و قالیباف برکنار شد و پرده‌ها برافتاد و نام عیسی شریفی بر زبان‌ها چرخید و مرد قدرتمند دوران قالیباف مورد اتهام‌های ریز و درشتی قرار گرفت. شریفی در حلقه مشهدی‌های مقیم بهشت نبود، اما به‌واسطه اتصالات قوی‌ای که با شهردار داشت، در جایگاهی که «می‌باید» قرار داشت و در تمام افتتاح‌های و مراسم‌های دوران قالیباف حضور فعال و جدی داشت، با این همه هیچ‌گاه با رسانه‌ای به جز رسانه‌های شهرداری مصاحبه نکرد.
در خرداد ۹۶ شایعات خروجش از کشور و فرارش به کانادا مطرح شد، ولی مدتی بعد برگشت و با استقبال اصولگرایان و مدیران شهردار خواست بگوید که از این خبرها نیست و او بعد از شکست قالیباف هم همچنان محکم بر صندلی خود نشسته. در ۲۴ خرداد ۹۶ بود که صبح نو، روزنامه نزدیک به قالیباف در مطلبی به دفاع از قائم مقام قالیباف پرداخت و نوشت: سناریوی تکراری اصلاح طلبان افراطی علیه مدیریت شهری تهران و شایعه‌هایی که علیه عیسی شریفی ساخته بودند، مثل دفعات قبلی، رنگ باخت تا مشخص شود برخی برای رسیدن به مقاصد سیاسی خود حاضرند هر اتهام و شایعه‌ای را بسازند.
اما تنها سه ماه لازم بود تا شایعات رنگ واقعیت به خود بگیرند و مشخص شود اتهامات قالیباف بازی سیاسی اصلاح‌طلبان نبود. محسنی اژه‌ای سخنگوی وقت قوه قضاییه در نشست خبری خود در شهریور سال ۹۶ بازداشت معاون شهردار سابق تهران را تایید کرد و گفت که پرونده او درباره اتهامات مالی است.بعد‌ها محمود میرلوحی، عضو کمیسیون برنامه و بودجه شورای شهر گقت: ایشان آذر ماه سال گذشته به قید وثیقه آزاد و دوباره دستگیر شد، اما هنوز ما نمی‌دانیم که چه اتفاقی برایش افتاده است. این پرونده مفصل است و موضوع بر سر یک یا دو میلیارد نیست بلکه پای هزاران میلیارد تومان در میان است. هزاران میلیارد تومانی که تحت عناوین مختلفی همچون همکاری و وساطت برای تامین منابع قرق شده است.
در نهایت پرونده شریفی در دستور کار قوه قضاییه قرار گرفت و محسن هاشمی، رئیس شورای شهر تهران هم خبر داد که با دستور رهبر انقلاب، رئیس ستاد کل نیرو‌های مسلح ایران مسئول رسیدگی به پرونده اتهام «فساد مالی ده هزار میلیارد تومانی» قائم مقام شهردار سابق تهران شده است. در نهایت پرونده به دادگاه انتظامی و نظامی رفت و تا اردیبهشت امسال خبری از آن نبود.غلامعباس ترکی، دادستان نظامی اردیبهشت ماه در حاشیه مراسم رونمایی از کارت ویژه ضابطان نظامی گفت: پرونده موسوم به شهرداری آماده صدور قرار نهایی و ارسال به دادگاه است و متهمان اصلی این پرونده کماکان در بازداشت به سرمی‌برند و رسیدگی به اتهامات آن‌ها به صورت دقیق، جامع و با رعایت موازین قانونی انجام شده است. حالا باید صبر کرد و دید جعبه سیاه دوران مدیریت قالیباف در نهایت چه سرنوشتی پیدا می‌کند، آیا جرم جاسوسی او اثبات می‌شود یا با همان اتهامات مالی به دادگاه می‌رود.