او به پشتوانه دکترای اقتصاد خود رئیس برنامه و بودجه شد اما همین دکترای اقتصاد برای آقای نوبخت دردسر تازه‌ای شده که برخی آن را پیراهن عثمان کرده و در مقایسه وی با علی کردان وزیر دولت احمدی‌نژاد خواستار برکناری او به دلیل مدرک جعلی شده‌اند. داستان از انتقاد یکی از اقتصاددانان کشور آغاز شد. داوود سوری اقتصاددان با زیر سوال بردن مدرک دکترای نوبخت گفته بود: «آقای نوبخت از روز اولی که آمد به عنوان دانش‌آموخته دکترای اقتصاد از دانشگاه پیزلی معرفی شد.
این در حالی است که دانشگاه پیزلی وجود ندارد. یک دانشگاه وجود دارد به نام دانشگاه غرب اسکاتلند (University of the West Scotland) که پردیسی (campus) دارد در شهر کوچکی به نام پیزلی (paisley) کل دانشگاه غرب اسکاتلند رشته اقتصاد ندارد، فقط یک مدرسه کسب و کار (business school) دارد که MBA می‌دهد و بالاترین مدرکی هم که ارائه می‌دهد MBA است. یعنی درجه کارشناسی ارشد.
من نمی‌دانم ایشان چگونه دکترا گرفته است. من قبلا هم به دوستان روزنامه‌نگار گفته‌ام همانطور که موضوع مدرک آقای کردان را پیگیری کردید، باید مدرک آقای نوبخت را هم پیگیری کنید». این صحبت‌ها بلافاصله با واکنش سازمان برنامه و بودجه روبه‌رو شد و آنها در جوابیه‌ای این ادعا را نادرست خواندند. در بیانیه سازمان برنامه و بودجه آمده است که دانشگاه پیزلی از قرن نوزدهم وجود داشته و از سال ٢٠٠٧ پس از گسترش به دانشگاه غرب اسکاتلند تغییر نام یافته است.
وزارت علوم نیز بر صحت مدرک نوبخت صحه گذاشت اما محمد طبیبیان اقتصاددان مشهور صحت اظهارات بیانیه را زیر سوال برد و نوشت: «آیا آن دانشگاه اصولا رشته اقتصاد دارد؟ (در فهرست برنامه‌ها دكتراى اقتصاد نیست) چگونه این پایان‌نامه كه در منابع اینترنتى با نام ایشان منتشر شده نه مشخصات اساتید مشاور نه سر‌برگ و مارك دانشگاه و نه صورت جلسه دفاعیه در آن موجود است. بگذریم از مطالب آن هم كه در سطحى نیست كه حتى یك دانشگاه ضعیف بین‌المللى هم قبول كند». گرچه در‌نهایت وزارت علوم در بیانیه‌ای مدرک تحصیلی دکتر نوبخت و اعتبار دانشگاه محل تحصیل وی را تایید کرد. اما به نظر می‌رسد که در افکار عمومی این مسئله هنوز با ابهاماتی مواجه است.