با شروع عمليات اجرايي احداث سد کرخه، به عنوان مدير اجرايي اين پروژه تا زمان بهره‌برداري فعاليت کرد. وي در دولت اول اصلاحات، وزير راه و ترابري و در دولت دوم وزير جهاد کشاورزي بود. حجتي در دولت يازدهم و دوازدهم هم بر کرسي وزارت جهاد کشاورزي نشست. عملکرد او در جهاد کشاورزي به اندازه‌اي بود که مقام معظم رهبري در ديدار با رئيس‌جمهور و کابينه دولت يازدهم در روز شهادت شهيد رجايي و باهنر در سال 94 بر نقش مهندس حجتي در وزارت جهاد کشاورزي تاکيد کرده و فرمودند: «بخش کشاورزي هم مهم است. آقاي حجّتي از نظر من جزو وزراي خوش سابقه در کار است و واقعاً مي‌توانند کار کنند.»
آقايي بازداشت شد
روز دوشنبه بازداشت خليل آقايي، رئيس سازمان جنگل‌ها منتشر شد. ايسنا نوشت؛ خليل آقايي، رئيس سازمان جنگل‌ها به اتهام ارتشا از سوي دادسراي کارکنان دولت بازداشت شد. البته عباس سميعي، مديرکل روابط عمومي سازمان جنگل‌ها، گفته بود: موضوعي که آقاي آقايي در ارتباط با آن فراخوانده شده بود به سازمان جنگل‌ها ربطي ندارد. خليل آقايي، نماينده سابق مجلس است و پيش از اين سمت، معاونت پارلماني وزارت جهاد را بر عهده داشت. بجز آقايي در چند هفته اخير اخباري از بازداشت يک معاون ديگر اين سازمان هم به گوش رسيده است.
بازخواني بازداشت‌ها
14 مهر هم تسنيم نوشت: «حميد ورناصري مديرعامل شرکت پشتيباني امور دام به اتهام اخلال در نظام اقتصادي بازداشت شد. تابستان امسال نيز تعدادي از کارمندان جهاد کشاورزي استان تهران به اتهام اخلال در نظام توزيع مايحتاج عمومي (گوشت قرمز) محاکمه و زنداني شدند. حميدرضا خليلي جانشين رئيس سازمان جهاد کشاورزي استان تهران، عليرضا جهيزي کارمند و رئيس اداره تنظيم بازار سازمان جهاد کشاورزي استان تهران، علي رنجبر کرماني کارمند حراست و بازرس اداره تنظيم بازار سازمان جهاد کشاورزي استان تهران، مرتضي عسگري مديرعامل تعاوني مصرف بنياد مستضعفان استان تهران، علي سعيدي مباشر توزيع تنظيم بازار شرکت مهام تدبير آسيا و حسين خليلي کارگزار تنظيم بازار، متهمان اين پرونده بودند.» 9مرداد نماينده دادستان در جلسه دادگاه تعدادي از متهمان وزارت جهاد کشاورزي گفت: «اينها با علم به موثر بودن عمل خود اقدام به اين اعمال مجرمانه کردند، چرا که مي‌دانستند دولت ارز به تهيه گوشت تنظيم بازاري اختصاص داده و اين گوشت بايد به قيمت مشخصي توزيع شود اما آن گوشت را در بازار آزاد فروخته‌اند.»
در همان روز قاضي صلواتي خطاب به بازرس متخلف وزارت جهاد کشاورزي گفت: اداره‌اي که جلساتش در کافي‌شاپ تشکيل شود بازرسش هم تو مي‌شوي. 7 مرداد هم 4 کارمند جهاد کشاورزي تهران محاکمه شدند. حميدرضا خليلي جانشين رئيس سازمان جهاد کشاورزي استان تهران، عليرضا جهيزي کارمند و رئيس اداره تنظيم بازار سازمان جهاد کشاورزي استان تهران، علي رنجبر کرماني کارمند حراست و بازرس اداره تنظيم بازار سازمان جهاد کشاورزي استان تهران، مرتضي عسگري مديرعامل تعاوني مصرف بنياد مستضعفان استان تهران، علي سعيدي مباشر توزيع تنظيم بازار شرکت مهام تدبير آسيا و حسين خليلي کارگزار تنظيم بازار را متهمان اين پرونده عنوان کرد. 5 شهريور تسنيم نوشت: «يکي از مديران استاني زيرمجموعه وزارت جهاد کشاورزي پيرو شکايت سازمان بازرسي استان دستگير شد.» در سال گذشته هم دستگيري مديران وزارت جهاد کشاورزي ادامه داشت چنانکه دونفر از مديران ارشد حال حاضر و سه نفر از مديران سابق سازمان جهاد کشاورزي استان خراسان رضوي دستگير شدند. انصاف نيوز نوشت؛ در خبر اواسط مهرماه آمده بود: «همزمان حداقل فرزند يکي ديگر از مديران ارشد اين وزارتخانه و يکي از نزديکان او که شرکتي خصوصي دارند نيز بازداشت شده‌اند».
علاوه بر آنها، فرزند يکي ديگر از معاونان وزير و فرزند رئيس يکي از سازمان‌هاي تابعه وزارتخانه نيز بازداشت شده‌اند. اين بازداشت‌ها که در ارتباط با اتهام فساد و زد و بندهاي مالي بوده است احتمالا به بازداشت يکي از معاونان منجر شود که فرزند و يکي ديگر از نزديکان او در بازداشت به‌سر مي‌برند. نگراني از وضعيت اتهامات مالي در وزارت جهاد کشاورزي در مدت اخير بالا گرفته و حتي احتمال کناره‌گيري يا برکناري محمود حجتي از کرسي وزارت و جايگزيني حسين شيرزاد مي‌رود. حسين شيرزاد در حال حاضر مديرعامل سازمان مرکزي تعاون روستايي ايران و دبير هيات عالي نظارت بر اصناف کشاورزي ايران است.
تکذيبي که موثر نبود
در چنين شرايطي شايعه استعفاي حجتي مطرح و قابل باور شد که البته وزارت جهاد کشاورزي و دفتر سخنگوي دولت گمانه‌زني‌ها درباره استعفا و کناره‌گيري محمود حجتي را رد کردند اما برخي هنوز از احتمال تغيير وزير کشاورزي با استعفا يا برکناري خبر مي‌دهند. برخي سايت‌ها از جانشين‌هاي احتمالي حجتي نيز پرده‌برداري کرده‌اند و از حسين شيرزاد، عبدالمهدي بخشنده و عباس کشاورز به عنوان گزينه‌هاي سرپرستي وزارت جهاد کشاورزي نام برده مي‌شود.